La renuncia de Muñoz Leos desató una ola de acusaciones de opositores políticos que afirman que la corrupción campea en esa compañía estatal, una de las la mayores de su clase en América Latina.
La renuncia de Muñoz se produjo después de que la prensa local divulgó un convenio entre el sindicato y la dirección de PEMEX, que se compromete a entregar a los trabajadores más de 700 millones de dólares para que compren viviendas y otros gastos.
Los convenios entre la dirección y el sindicato de PEMEX datan de la época en que el Partido Revolucionario Institucional (PRI), gobernaba en México.
La prensa y los opositores al gobierno de Fox también denunciaron que Muñoz pagó con fondos de PEMEX dos cirugías plásticas practicadas a su esposa, aunque el ex jerarca de la petrolera estatal negó haber incurrido en actos de corrupción.