Fue hijo de un obrero y oficial del Ejército polaco. Terminó en 1938 sus estudios de Bachillerato y se matriculó en la Facultad de Filología Polaca de la Universidad Jagellonica de Cracovia, pero se vio obligado a suspender sus estudios cuando el primero de septiembre de 1939 los nazis invadieron Polonia.
Perseguido por la Gestapo, se escondió en una buhardilla de Cracovia. Trabajaba durante el día como obrero en unas canteras de piedra y más tarde en las industrias químicas Solvay y siguió sus estudios en horario nocturno.
Wojtyla fue además actor e interpretó papeles de contenido patriótico. Participó en la resistencia contra Alemania para ayudar a salvar a familias judías. Posteriormente su situación se complicó en Polonia y se refugió en los subterráneos del Arzobispado de Cracovia.
En 1942 ingresó en un seminario clandestino y comenzó la carrera de Teología. El primero de noviembre de 1946 cantó su primera misa y poco después se trasladó a Roma para asistir a los cursos de la Facultad de Filosofía del Pontificio Ateneo Angelicum y obtuvo el doctorado en Teología. En 1948 regresó a Polonia y durante 13 meses ejerció como vicario coadjutor de la parroquia de Niegohuic.
El 17 de agosto de 1949 se trasladó como vicario a la parroquia de San Florián, en Cracovia, donde ejerció el ministerio durante dos años, alternándolo con su trabajo de consejero de los estudiantes y graduados de la universidad estatal de esa ciudad.
Comenzó en 1954 a impartir clases de Ética en la Facultad de Filosofía de la Universidad Católica de Lublín, donde dos años después fue nombrado director de la Cátedra de Ética. El 4 de julio de 1958 el papa Pío XII le nombró Obispo Auxiliar de la Archidiócesis de Cracovia. A partir del 11 de octubre de 1962 comenzó a tomar parte activa en el Concilio Vaticano Segundo.
El 8 de diciembre de 1965 pasó a formar parte de las Congregaciones para los Sacramentos y para la Educación Católica, y del Consejo para los Laicos. El 29 de mayo de 1967 fue creado cardenal, lo que le convirtió en el segundo más joven de la Iglesia Católica, con 47 años.